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Advanced Neurogenomics

Periodo di svolgimento

da Lunedì, 4 Novembre 2019 a Mercoledì, 4 Marzo 2020
Ore del corso: 55
Ore dei docenti responsabili: 40
Ore di didattica integrativa: 15

Modalità d'esame

  • Prova orale

Prerequisiti

PhD

Programma

  1.       A primer on regulation of gene expression and statistical considerations
  2.       RNA-seq: how it works
  3.       Sequence quality control and mapping algorithms
  4.       Detection of differential gene expression
  5.       Clustering and other methods to reduce dimensionality
  6.       Gene Ontology and Gene set enrichment
  7.       Genome-wide studies of age-dependent gene expression in the brain
  8.       Network analysis
  9.       Applications of network analysis to the brain
  10.       Cell-specific transcriptome analysis in the brain
  11.       Single-cell RNA-seq
  12.       Analysis of synaptic RNAs
  13.       Analysis of microRNAs and RNA immunoprecipitation
  14.       Epigenetic analysis: techniques for DNA methylation
  15.       Epigenetic analysis: CHIP-seq 
  16.    ,  Proteome analysis by mass-spectroscopy 
  17.       Analysis of synaptic proteome
  18.       Analysis of nascent proteins and RNAs
  19.       Expression QTLs
  20.       Microbiome 

 

Obiettivi formativi:

 Obiettivo del corso è: 1) formare studenti in grado di leggere criticamente articoli che ultizzano tecniche "omiche" comprendendo i dettagli sia della parte "wet" che della analisi dati 2) mostrare come questi studi abbiano portato ad importanti avanzamenti concettuali nella comprensione dell'organizzazione funzionale del sistema nervoso 3) mettere gli studenti in condizione di pianificare in maniera indipendente un esperimento "omico", di fare una prima analisi dei dati e di dialogare con i bioinformatici per analisi più complesse.

Riferimenti bibliografici

Cellerino & Sanguanini "Transcriptome analysis" Ed. Scuola Normale

Didattica integrativa

cicli di seminari:
- Alessandro Ori (5)
- Francesco Neri (5)
- Dario Valenzano (5)