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Advanced Neurogenomics

Periodo di svolgimento

da Martedì, 3 Novembre 2020 a Giovedì, 4 Marzo 2021
Ore del corso: 40
Ore dei docenti responsabili: 40

Modalità d'esame

  • Prova orale

Prerequisiti

PhD

Programma

  1.       A primer on regulation of gene expression and statistical considerations
  2.       RNA-seq: how it works
  3.       Sequence quality control and mapping algorithms
  4.       Detection of differential gene expression
  5.       Clustering and other methods to reduce dimensionality
  6.       Gene Ontology and Gene set enrichment
  7.       Network analysis
  8.       Applications of network analysis to the brain
  9.       Cell-specific transcriptome analysis in the brain
  10.       Single-cell RNA-seq, methods and analysis 
  11.       Single-cell RNA-seq, applications to the nervous system
  12.       Patch-seq and in situ sequencing
  13.       Analysis of microRNAs and RNA immunoprecipitation
  14.       Epigenetic analysis: techniques for DNA methylation
  15.       Epigenetic analysis: CHIP-seq 
  16.    ,  Proteome analysis by mass-spectroscopy 
  17.       Analysis of synaptic proteome
  18.       Analysis of nascent proteins and RNAs
  19.       Expression QTLs
  20.       Microbiome 

 

Obiettivi formativi

Obiettivo del corso è: 1) formare studenti in grado di leggere criticamente articoli che ultizzano tecniche "omiche" comprendendo i dettagli sia della parte "wet" che della analisi dati 2) mostrare come questi studi abbiano portato ad importanti avanzamenti concettuali nella comprensione dell'organizzazione funzionale del sistema nervoso 3) mettere gli studenti in condizione di pianificare in maniera indipendente un esperimento "omico", di fare una prima analisi dei dati e di dialogare con i bioinformatici per analisi più complesse.

Riferimenti bibliografici

Cellerino & Sanguanini "Transcriptome analysis" Ed. Scuola Normale