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Advanced Neurogenomics

Periodo di svolgimento
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Info sul corso
Ore del corso
40
Ore dei docenti responsabili
40
Ore di didattica integrativa
0
CFU 6
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Modalità esame

Prova orale
Registro delle lezioni

Prerequisiti

PhD

Programma

  1.       A primer on regulation of gene expression and statistical considerations
  2.       RNA-seq: how it works
  3.       Sequence quality control and mapping algorithms
  4.       Detection of differential gene expression
  5.       Clustering and other methods to reduce dimensionality
  6.       Analysis of differential expression using DESeq2
  7.       Gene Ontology and Gene Set Enrichment
  8.       Analysis of GO terms and pathways using WebGestalt
  9.       Network analysis
  10.       Applications of network analysis to the brain
  11.       Cell-specific transcriptome analysis in the brain
  12.       Single-cell RNA-seq, methods and analysis 
  13.       Single-cell RNA-seq, applications to the nervous system
  14.       Methods for spatial transcriptomics
  15.       Analysis of microRNAs and RNA immunoprecipitation 
  16.    ,  Proteome analysis by mass-spectroscopy 
  17.       Analysis of synaptic proteome
  18.       Analysis of nascent proteins and RNAs
  19.       Epigenetic analysis: DNA methylation and ChIP-seq
  20.       Examples of epigenetic studies in the nervous system

 

Obiettivi formativi

Obiettivo del corso è: 1) formare studenti in grado di leggere criticamente articoli che ultizzano tecniche "omiche" comprendendo i dettagli sia della parte "wet" che della analisi dati 2) mostrare come questi studi abbiano portato ad importanti avanzamenti concettuali nella comprensione dell'organizzazione funzionale del sistema nervoso 3) mettere gli studenti in condizione di pianificare in maniera indipendente un esperimento "omico", di fare una prima analisi dei dati e di dialogare con i bioinformatici per analisi più complesse.

Riferimenti bibliografici

Cellerino & Sanguanini "Transcriptome analysis" Ed. Scuola Normale

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